Description de la configuration¶

Matériel¶

Le calculateur Myria est une solution ATOS BULL d'une puissance de 419 TFlops Xeon, 327 TFlops GPU et 27 TFlops Xeon Phi KNL :

• 11304 cœurs de calcul (10664 Xeon, 640 Xeon Phi KNL)
• 366 nœuds de calcul bi-sockets Broadwell (28 cœurs à 2,4 GHz, 128 Go de RAM DDR4 à 2400 MHz), dont :
  • 12 nœuds dotés chacun 20 To de disques internes
  • 1 nœud doté de 20 To de disques internes et d'1 To de RAM
  • 12 nœuds dotés chacun de 2 cartes GPU Kepler K80 (4 unités de traitement GPU par nœud, 12 Go de mémoire embarquée par unité)
  • 8 nœuds dotés chacun de 2 cartes GPU Pascal P100 (2 unités de traitement GPU par nœud, 12 Go de mémoire embarquée par unité)
  • 1 nœud doté de 3 cartes GPU Pascal P100 (3 unités de traitement GPU, 12 Go de mémoire embarquée par unité)
• 5 nœuds de calcul bi-sockets SkyLake (16 cœurs à 2,1 GHz, 187 Go de RAM DDR4 à 2666 MHz) dotés chacun de 4 cartes GPU Volta V100-SXM2 (4 unités de traitement GPU par nœud interconnectées par NVLink2, 32 Go de mémoire embarquée par unité)
• 10 nœuds de calcul dotés chacun d'un Xeon Phi KNL 7210 (64 cœurs à 1,3 GHz et 96 Go de RAM DDR4 à 2133 MHz par nœud, 16 Go de mémoire rapide MCDRAM embarquée dans le processeur KNL)
• 1 nœud SMP avec 256 cœurs Haswell à 2,2 GHz et 4 To de RAM DDR4 à 2133 MHz
• 2 nœuds de visualisation (bi-sockets Broadwell) dotés chacun d'une carte GPU K80 et de 256 Go de RAM DDR4 à 2400 MHz
• 5 nœuds de connexion (bi-sockets Broadwell) dotés chacun de 256 Go de RAM DDR4 à 2400 MHz
• 53 To de mémoire DDR4
• Réseau d'interconnexion Intel Omni-Path à faible latence et haut débit (100 Gbit/s)
• 2,5 Po d'espace disque (/home, /dlocal et /save)
• Connexion 4 x 10 Gbit/s et 1 x 40 Gbit/s sur le réseau SYVIK

Environnement logiciel¶

• Environnement Linux 64 bits (CentOS 7.6)
• Soumission des travaux avec Slurm
• Système de fichiers parallèle IBM Spectrum Scale (GPFS)
• Environnement de développement :
  • Compilateurs Intel 2017 et 2019, Gnu 4.8.5 Fortran, C, C++ (support OpenMP)
  • Librairie Intel MPI 2017 et 2019 (support de la norme MPI-3)
  • Librairies mathématiques Intel MKL (dont BLAS, LAPACK et ScaLAPACK), FFTW 3.3.5
  • API CUDA C/C++ 8.0, 9.0, 9.1, 10.0, 10.1, 10.2 et 11.1, OpenACC 2.6 (Pgi 20.7), librairies CUBLAS et CUFFT pour accélération sur GPU
  • Exemples de Makefiles : /soft/makefiles