Gestion des données sur la baie de disques¶

Les partitions, les quotas, les conseils et commandes pour gérer au mieux ses données de calcul sur Austral

Introduction¶

Les données du calculateur Austral sont stockées sur une baie de disques accessible sur l'ensemble du cluster en Lustre. Les performances mesurées lors de la livraison sont de xxx Go/s. Ces partitions sont optimisées pour la lecture/écriture sur des gros fichiers.

Quelques commandes pratiques¶

Combien ai-je de fichiers dans /dlocal ?

TODO

lire la ligne gpfs1 dlocal, colonne "files"

Combien d'espace disque est-ce que je consomme ?

TODO

Comment connaître la liste des dossiers temporaires de calcul de l'utilisateur nom_login ?

find /dlocal/run -type d -mindepth 0 -maxdepth 1 -user nom_login

Comment connaître la liste des calculs soumis dans la partition hpda entre le 1/04/2023 et le 15/04/2023 pour faire du ménage ?

sacct -r hpda -S 2023-04-01 -E 2023-04-15

Vous pouvez rajouter l'option -l pour afficher plus d'informations.

Comment connaître le nombre de fichiers d'un dossier chemin_dossier ?

find chemin_dossier -type f | wc -l

J'ai besoin de faire diminuer mon nombre de fichiers, mais je ne peux rien supprimer. Comment faire ?

Archivez certaines arborescences avec la commande tar : une archive = 1 fichier

Quelques conseils¶

Dans les scripts de soumission...

Le rapatriement des données s'effectue avec une commande mv. Ne la remplacer surtout pas par un cp, qui duplique les données et qui peut être très longue à s'exécuter.

Si vous développez...

Privilégiez les fichiers volumineux avec des formats de type HDF5 plutôt qu'une multitude de petits fichiers. Vous gagnerez en performances sur les clusters de calcul avec des tailles de blocs importantes.

Si vous générez beaucoup de fichiers...

Surveillez votre quota. Affichez-le automatiquement lors de la connexion (via ajout approprié dans votre fichier ~/.bash_profile).

Quelques informations complémentaires¶

Les partitions et leur usage

• /home contient les dossiers d'accueil des utilisateurs.
• /dlocal contient les dossiers temporaires des calculs (/dlocal/run) et certains dossiers de calcul permanents (/dlocal/home) quand le besoin est qualifié.
• /soft contient les logiciels mis à disposition par le CRIANN

Attention : aucune sauvegarde n'est effectuée sur les données utilisateurs. Pensez à rapatrier vos codes et vos données dans vos laboratoires.

Nous vous encourageons fortement à utiliser les outils de versioning, tel que GIT, de vos établissements. Renseignez-vous auprès de vos DSI.

Le client git est installé sur les frontales, sans chargement de module.

Les quotas

TODO

La problématique du nombre de fichiers

Le CRIANN a fait le choix de conserver les dossiers temporaires des calculs (/dlocal/run/<jobid>) au delà de la vie des calculs. Ce dossier peut ainsi être utilisé comme dossier de travail du calcul suivant.

Ces dossiers sont supprimés automatiquement par le CRIANN, 45 jours après la fin du calcul correspondant. Cela a l'avantage de pouvoir permettre d'enchaîner plusieurs calculs et également de récupérer des données qui n'auraient pas été récupérées en fin de calcul.

Pour la majeure partie des utilisateurs, en 45 jours, cela correspond à quelques milliers de fichiers. Pour certains utilisateurs de logiciels spécifiques, cela peut représenter plusieurs dizaines de millions de fichiers. Le quota est là pour éviter une dérive, mais la soumission de nouveaux calculs devient impossible si le quota est dépassé : il faut donc faire du ménage en complément du ménage automatique...

Si vous avez des questions, merci de contacter le support : support@criann.fr